Nació en Navarra, España, el 7 de abril de 1506. Francisco de Jasso (Francisco Javier) fue el menor de los cinco hijos de Juan de Jasso y Atondo, presidente del Real Consejo de Navarra, y de María de Azpilicueta y Aznárez, titular del señorío de Javier.
Mientras estudiaba Filosofía y Teología en París conoció a Ignacio de Loyola, quien le pidió que lo ayudara a fundar una nueva orden: la Compañía de Jesús (jesuitas). Francisco se ordenó sacerdote en Venecia, en 1537. Participó en la fundación de la Compañía de Jesús en Roma en 1539, desde entonces se consagró a la actividad misionera. Ignacio le dijo a Francisco: «Un corazón tan grande y un alma tan noble no pueden contentarse con los efímeros honores terrenos. Tu ambición debe ser la gloria que brilla eternamente».
Francisco Javier comenzó su gran aventura misionera a los 35 años de edad. En 1541 fue enviado a India como legado pontificio, con la misión de evangelizar las tierras situadas al este del cabo de Buena Esperanza. Llegó a Goa (capital de India portuguesa) en 1542, en donde desplegó una intensa actividad predicando el Evangelio, cuidando enfermos, visitando presos, convirtiendo nativos, negociando con autoridades locales en la defensa de esclavos y abogando por la justicia frente a los abusos de los colonos. Su apostolado se extendió por Mozambique, el sur de la India, Ceilán (hoy Sri Lanka), Malaca (en Malasia), las Islas Molucas (en Indonesia) y Japón. Murió en la isla de San Xon, cerca de Cantón, en China, consumido por la pulmonía y el trabajo en 1552.
Fue canonizado el 12 de marzo de 1622, junto con los santos Ignacio de Loyola, Felipe Neri, Teresa de Jesús e Isidro. La Iglesia lo celebra el 3 de diciembre y junto con santa Teresa del Niño Jesús es patrono de las misiones.